В WooCommerce есть встроенная система шаблонов которую можно редактировать без потери обновляемости плагина, для этого у Woo есть специальный продуманный механизм.В папке плагина WooCommerce /wp-content/plugins/woocommerce/ есть специальная папка шаблонов templates.
Если вам необходимо поправить вывод категории товаров, тогда нужно в вашей папке шаблона сайта создать папку woocommerce и туда поместить файл шаблона woo.
На нашем примере что бы изменить шаблон вывода категории товаров мы копируем файл /wp-content/plugins/woocommerce/templates/archive-product.php в новое расположение по пути /wp-content/themes/папка_вашего_шаблона_wordpress/woocommerce/archive-product.php — после этого по новому пути можете менять шаблон и он сразу будет работать.
Так же можно поступить с всеми шаблонами woocommerce из папки плагина.